漆黑的夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某機構(gòu)，盜走了記載著各國諜報機構(gòu)重要數(shù)據(jù)的絕密文件的絕密數(shù)據(jù)。日本警方和FBI探員赤井秀一(池田秀一 配音)旋即與間諜展開追逐。最后，逃亡者的車輛墜落懸崖。第二天，柯南(高山南 配音)和伙伴們來到東都水族館觀光，結(jié)果發(fā)現(xiàn)一名受傷的美麗女子(天海佑希 配音)。該女子處于失憶狀態(tài)，身上的手機也破損無法使用?？履系热舜饝?yīng)要幫她恢復(fù)記憶，當(dāng)他們七嘴八舌之際，藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德(小山茉美 配音)冷冷地注視著這一切。在相處過程中，女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀(林原惠美 配音)對其真實身份產(chǎn)生懷疑。